Deorum Animae cuenta cómo los dioses influyen en el mundo (imaginario), siendo creadores de su propia raza, la cual siempre acaban enfrentando con el resto, aunque en la actualidad el número de bandos se ha reducido a dos. La historia se cuenta a través de dos personajes principales, Kozu y Lonia, dos amigos que viven en un tranquilo pueblo que abandonan para lanzarse a la busca de respuestas. Tras haberse hecho otros dioses con sus almas, empiezan a obtener poderes que caracterizaban a las razas que pertenecían a estos, y un grupo que busca frenar el poder de los dioses sobre los mortales, los Eslabones dorados se interesan en ellos. Este mismo grupo será el que durante toda la aventura dará problemas a nuestros héroes.